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南京新中醫(yī)學研究院是由針刀醫(yī)學培訓的開創(chuàng)者王曉智先生創(chuàng)辦。1987年，王曉智先生與其志同道合的好友、小針刀療法的發(fā)明人朱漢章老師在南京舉辦了全國小針刀療法培訓班，由于針刀療法療效突出，迅速在全國范圍內(nèi)形成燎原之勢，自此，針刀療法乃至后來的針刀醫(yī)學在中醫(yī)甚至整個醫(yī)學領(lǐng)域內(nèi)異軍突起，同時這種創(chuàng)新精神極大地激發(fā)和促進了其它針法及中醫(yī)特色技術(shù)的創(chuàng)新、推廣和發(fā)展，在中醫(yī)行業(yè)內(nèi)形成了百花齊放、百家爭鳴的局面。南京新中醫(yī)學研究院從事醫(yī)療技術(shù)培訓已有36年，被業(yè)內(nèi)人士稱為針刀醫(yī)學的“黃埔軍?！?，簡稱為“南京新中醫(yī)”。
2007年王自平接任南京新中醫(yī)學研究院院長。 12年來，在向全國推廣的諸多醫(yī)療技術(shù)融匯基礎(chǔ)上，王自平院長以中醫(yī)診治理念為引領(lǐng)，融合各種醫(yī)學而重新構(gòu)建了新的醫(yī)學體系，即新中醫(yī)診療體系。新中醫(yī)診療體系是基于筋膜解剖學對中醫(yī)經(jīng)絡(luò)科學研究指導下，揭示“五體”（皮、肉、筋、骨、脈）組織結(jié)構(gòu)及“臟腑”、“五志”等相互間關(guān)系和靈活應用不同方法同時調(diào)治同一人體不同疾患的機制，回歸古代中醫(yī)從整體結(jié)構(gòu)、功能同時干預而達到“一人而兼十三科”的診療模式；從方法學上挖掘古代已失傳的中醫(yī)診療技術(shù)、現(xiàn)代各種中醫(yī)原創(chuàng)及民間中醫(yī)藥特色技術(shù)、現(xiàn)代醫(yī)學診療等方法，遵循古代中醫(yī)“一針、二灸、三用藥”的優(yōu)化診療理念，跨學科、跨領(lǐng)域、融合創(chuàng)新、施行“雜合以治，各得其所宜”新的醫(yī)學診療體系。在技術(shù)推廣和人才培養(yǎng)中，提出以道馭術(shù)，道法自然的哲學思想；在“新中醫(yī)”醫(yī)、教、研整體戰(zhàn)略規(guī)劃中，確立繼往開來復興中醫(yī)，弘道揚善濟世救人的歷史使命。
“新中醫(yī)”，這三個字承載了三十多年來的奮斗歷程，它不僅指新的醫(yī)療技術(shù)、新的治療理念和診療模式，更代表了濟世救人的慈悲之心、不畏艱難的創(chuàng)新精神和復興中醫(yī)的家國情懷。
2016年，經(jīng)中國中醫(yī)藥研究促進會報請國家民政部、科技部、衛(wèi)生部批準成立了中國中醫(yī)藥研究促進會新中醫(yī)分會，由南京新中醫(yī)學研究院院長王自平擔任會長。
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